NMS er i Norge organisert i sju regioner:

NMS Region Bjørgvin

NMS Region Møre

NMS Region Nord

NMS Region Stavanger

NMS Region Sør

NMS Region Trøndelag

NMS Region Øst

Regionene ledes av en regionsleder, de øvrige ansatte har tittelen ’misjonskonsulent’. Misjonskonsulentene har sine oppgaver fordelt på fire ulike hovedfokus; frivillighet, menighet, grasrot (foreninger og grupper) og arbeid blant aldersgruppen 18-40 år.

I overkant av 2000 foreninger og grupper er tilknyttet organisasjonen, og ca 3800 enkeltpersoner har tegnet medlemsskap i NMS. I tillegg har rundt 560 menigheter inngått avtale om å støtte NMS-prosjekt.

NMS er moderorganisasjon for den selvstendige organisasjonen NMS U (Det Norske Misjonsselskaps Barne- og Ungdomsorganisasjon).