NMS er i Norge organisert i sju regioner:
NMS region Sør
NMS region Øst
NMS region Stavanger
NMS region Bjørgvin
NMS region Møre
NMS region Trøndelag
NMS region Nord
Regionene ledes av en regionsleder, de øvrige ansatte har tittelen ’misjonskonsulent’. Misjonskonsulentene har sine oppgaver fordelt på fire ulike hovedfokus; frivillighet, menighet, grasrot (foreninger og grupper) og arbeid blant aldersgruppen 18-40 år.
I overkant av 2000 foreninger og grupper er tilknyttet organisasjonen, og ca 3800 enkeltpersoner har tegnet medlemsskap i NMS. I tillegg har rundt 560 menigheter inngått avtale om å støtte NMS-prosjekt.
NMS er moderorganisasjon for den selvstendige organisasjonen NMS U (Det Norske Misjonsselskaps Barne- og Ungdomsorganisasjon).
