FATMES ønsker ikke bare å utdanne prester, men vil også gi kurstilbud til lekfolk og ulønnede kirkelige medarbeidere.

Det foreligger blant annet planer om å ha fokus på kristent barnearbeid.

FATMES har også som mål å etterutdanne lærerne for å sikre et høyt nivå. Det utelukkes ikke å sende noen til utlandet, men utdanning i afrikansk kontekst er ønskelig; heller forelesere som kommer til Afrika og foreleser for mange enn å sende noen få ut av landet. Institusjonen ønsker å ta på alvor at den befinner seg i et område preget av islam. Det er også et mål å bygge nettverk mellom ulike undervisningsinstitusjoner i Afrika.

FATMES bygger nye lokalene i Bamako og trenger midler for å fullføre prosjektet. Lokale kirker samler inn penger til dette, men i tillegg er institusjonen avhengig støtte utenfra.