NMS samarbeider med FLM. Kirken har en liten hovedadministrasjon, særlig sett på bakgrunn av den kompleksiteten den presenterer, med alle sine utviklingsprosjekter og institusjoner i tillegg til det omfattende menighetsarbeidet. Kirken er inndelt i 23 synoder/bispedømmer.
Opplæring og kompetanseheving innen administrasjon og organisasjonsutvikling i FLM er i fokus, og prosjektet dekker en del av lønnen til de som arbeider ved kirkens hovedkontor, samt deler av reiseutgifter slik at ansatte kan samles til kurs og årlige samlinger. Økt kompetanse innen bistand og prosjektarbeid og tilrettelegging for at utviklingsarbeidet kan bli økonomisk bærekraftig er viktig. Derfor bidrar NMS til finansiering av stillingen som utviklingsdirektør i kirken.
Det gis også støtte til etablering av personalkontor, ekstern revisjon av kirkens regnskaper og registrering av kirken eiendommer.
Prosjektet omfatter i tillegg
Organisasjonsgjennomgang: FLM arbeider svært mye med organisasjonsspørsmål for å legge til rette for en mer effektiv organisasjon. I 2010 vil det arrangeres arbeidsseminar der det fokuseres på de organisasjonsendringer som fører til grunnregelendringer. Arbeidet skal føre fram til en større revisjon av kirkens konstitusjon. Arbeidsseminarene skjer som en forberedelse for saker som skal vedtas av kirkens generalforsamling.
Det er nå også ønskelig med en uavhengig gjennomgang av de organisasjonsmessige endringer som så langt har funnet sted og få en oversikt over det gjenstående arbeidet som vil føre fram til endring av kirkens konstitusjon. Kirken har avtalt med Det lutherske verdensforbund (LVF) om å stå for denne gjennomgangen og har bedt NMS være med å delfinansiere en slik gjennomgang.
Omorganisering ved Tsarafototra jordbruksskole: Skolen er midlertidig stengt som følge av driftunderskudd. Det er behov for å se på nye modeller for skoledrift og organisering av de administrative oppgavene. For å få til gode prosesser rundt omorganiseringen er det behov for ekstra møtepunkter. NMS støtter arbeidet med disse prosessene.

