Kirken har en liten hovedadministrasjon, særlig sett på bakgrunn av den kompleksiteten den representerer, med alle sine utviklingsprosjekter og institusjoner i tillegg til det omfattende menighetsarbeidet. Kirken er inndelt i 23 synoder/bispedømmer. De driver en rekke grunnskoler og høyere skoler, samt flere sykehus og mange mindre poliklinikker. Kirken driver også et omfattende arbeid innen landbruk og landsbyutvikling. NMS samarbeider med FLM.

Som en del av lederopplæringen holdes det seminarer om lederskap, god styring og kirkelig ledelse og administrasjon. Budsjettarbeid, regnskap og revisjon er også viktige fokusområder. Her tar en opp temaer som forvaltning og gode regnskapssystemer. Det arrangeres kurs i anti-korrupsjonsarbeid for prosjektledere og institusjonsledere.